Divers

Principaux résultats obtenus

Cheminformatique

Ayant acquis une expertise reconnue en cheminformatique [1-3] et arrimage (docking) moléculaire [4], nous avons participé à divers projets visant à élucider le mécanisme d’action de molécules d’intérêt biologique (Figure 1):

  • mode de liaison d’analogues synthétiques de la pyochéline (sidérophore) à son récepteur FptA [5] ;
  • liaison d’un phosphoinositide naturel (PiP3-diC4) à la protéine TRAF4, surexprimée dans de nombreux carcinomes [6] ;
  • mode de liaison du glucose-6-phosphate à la protéine Haemolysin II (HlyII) de Bacillus cereus, un pathogène entrainant des infections opportunistes majeures [7].


Ces informations sont précieuses à nos collaborateurs biologiques afin de mieux comprendre le fonctionnement de leur protéine d’intérêt.


Figure 1
: Mode de liaison de molécules bioactives (A : liaison du phosphoinositide Pip3-diC4 à la protéine TRAF4 [6], liaison du  glucose-6-phosphate lié à la protéine HlyII [7]) prédit par docking moléculaire.


Criblage à Haut Débit

Dans la cadre du programme Européen EU-OpenScreen, nous avons enfin contribué, avec 4 autres groupes Européens, à la mise au point d’une chimiothèque de diversité maximale regroupant des molécules commercialement disponibles [8]. Cette chimiothèque est destinée à être criblée expérimentalement par tous les centres de criblage participants au projet.

Références

  1. Fragment-based approaches and computer-aided drug discovery
    Rognan, D.
    (2012) Top Curr Chem,317, 201-222.

  2. Towards the next generation of computational chemogenomics tools.
    Rognan, D.
    (2013) Mol. Inf., 32, 2-7.

  3. A summer school for structuring the chemoinformatics  community.
    Rognan, D. and Varnek, A.
    (2014) Mol. Inf., 33, 390.

  4. Molecular docking: Proteome-scale docking: Myth and reality
    Rognan, D. (2013)
    Drug Discovery Technologies, 10, e403-e409.

  5. Synthesis and biological properties of thaizole-analogues of pyochelin, a siderophore of Pseudomonas aeruginosa and Burholderia cepacia.
    Noël, S., Hoegy, F., Rivault, F., Rognan, D., Schalk, I.J. and Mislin, G.L.A.
    (2013) Bioorg. Med. Chem. Lett, 24, 132-135

  6. TRAF4 modulates cell-cell contacts through its phosphoinositides-mediated recruitment to tight junctions
    Rousseau, A., McEwen, A. G., Poussin-Courmontagne, P., Rognan, D., Nominé, Y., Rio, M.C., Tomasetto, C. and Alpy, F.
    (2013)  PLoS Biol., 11, e1001726

  7. Glucose 6P binds and activates HlyIIR to repress Bacillus cereus haemolysin hlyII gene expression.
    Tran, S.L., Guillemet, E., Cadot, C. Rognan,D., Lereclus, D. and Ramarao, N.
    (2013) PLOS One, PLoS One, 8, e55085

  8. Design of a general-purpose compound screening library for EU-OpenScreen
    Horvath, D., Lisurek, M., Rupp, B., Kühne, R., Specker, E., von Kries, J., Rognan, D., Andersson, D., Almqvist, F., Elofsson, M., Enqvist, P.-A., Gustavsson, A.-L., Remez, N., Mestres, J., Marcou, G., Varnek, G., Hibert, M., Quintana, J.  and Frank, R.
    (2014) ChemMedChem, 9, 2309-2326.

Collaborations

Collaborations externes

  • Isabelle Schalk (UMR 7242, ESBS, Illkirch)
  • Fabien Alpy (IGBMC, Strasbourg)
  • Nalini Ramarao (INRA , UMR-1319,  Guyancourt,)

Financements

Fondation pour la Recherche Médicale, EU-OpenScreen (Projet Européen ESFRI)