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KARPENKO Julie

Dr Julie Karpenko

Iuliia Karpenko

Maître de Conférence Unistra

Faculté de Pharmacie
Bâtiment E, 1er étage
Pièce E121
74, route du Rhin
67401 Illkirch-Graffenstaden

Thèmes de Recherche

 

  • Développement des sondes fluorescentes pour des récepteurs couplés aux protéines G.
  • Conception et synthèse des ligands photochromes (activables par la lumière) des RCPG.
  • Détection et imagerie des infections bactériennes.

Formation

  • Doctorat en Chimie Biologique et Thérapeutique
    2014, Université de Strasbourg
  • M2 en Chimie de la Vie
    2011, Université de Nice-Sophia Antipolis
  • M1 en Chimie Organique
    2010, Université de Kyiv, Ukraine

Expérience Professionnelle

  • Maitre de conférences en pharmacochimie à la Faculté de Pharmacie de l’Université de Strasbourg
    Depuis 2016, équipe Chimie - Biologie Intégrative et Pharmacognosie (CBIP), UMR7200
  • Post-doctorat en chemical biology avec Kai Johnsson à EPFL, Suisse

2014 – 2016, financement : bourse EMBO

Sujet de recherche : Développement de senseurs protéiques et d’indicateurs chimiques sensibles au calcium pour intégrer l'activité neuronale chez les animaux vivants.

 

  • Doctorat en chimie biologique et thérapeutique à l’Université de Strasbourg

2011 – 2014, directeur : Prof. Marcel Hibert, financement : bourse MENRT

Sujet de recherche : Conception, synthèse et évaluation de sondes fluorescentes et de radioligands TEP des récepteurs de l’ocytocine et de la vasopressine

 

  • Stage M2 à l’Institut de Chimie de Nice

2010 – 2011, directeurs : Prof. Alain Burger et Dr. Benoit Michel, financement : bourse du gouvernement français

Sujet de recherche : Synthèse et caractérisations d'une nucléobase fluorescente sensible aux changements environnementaux

Enseignement

  • CM, TD et TP de Chimie organique en DFGSP2 (Faculté de Pharmacie)
  • TD de Chimie organique en PACES (Faculté de Médecine)
  • TD de Chimie en Licence 1 Sciences pour la santé (Faculté de Médecine)

 

Publications

P17. Fabien Hanser, Claire Marsol, Christel Valencia, Pascal Villa, Andrey S. Klymchenko, Dominique Bonnet*, and Julie Karpenko*, Nile Red-Based GPCR Ligands as Ultrasensitive Probes of the Local Lipid Microenvironment of the Receptor, ACS Chem. Biol. 2021, 16, 4, 651–660

P16. Lucie Esteoulle, François Daubeuf, Mayeul Collot,* Stéphanie Riché, Thierry Durroux, David Brasse, Patrice Marchand, Iuliia A. Karpenko,* Andrey S. Klymchenko* and Dominique Bonnet*, Near-Infrared Fluorogenic Dimer Enables Background-Free Imaging of Endogenous GPCR in Living Mice, Chemical Science 2020, 11, 6824-6829.

P15. Sridévi M. Ramanoudjame, Lucie Esteoulle, Stéphanie Riché, Jean-François Margathe, Thierry Durroux, Iuliia A. Karpenko, Dominique Bonnet, Chemoselective Acylation of Hydrazinopeptides To Access Fluorescent Probes For Time-Resolved FRET Assay on GPCRs, Methods in Molecular Biology 2019, 1947, 137-147.

P14. Benjamin Vidal, Iuliia A. Karpenko, François Liger, Sylvain Fieux, Caroline Bouillot, Thierry Billard, Marcel Hibert, Luc Zimmer, [11C]PF-3274167 as a PET radiotracer of oxytocin receptors: radiosynthesis and evaluation in rat brain, Nuclear Medicine and Biology 2017, 55, 1–6.

P13. Iuliia A. Karpenko, Yosuke Niko, Viktor P. Yakubovskyi, Andriy O. Gerasov, Dominique Bonnet, Yuriy P. Kovtun, Andrey S. Klymchenko, Push-pull dioxaborine as fluorescent molecular rotor: far-red fluorogenic probe for ligand-receptor interactions, J. Mater. Chem. C, 2016, 4, 3002 – 3009. 

P12. Nicolas P. F. Barthes, Krishna Gavvala, Dmytro Dziuba, Dominique Bonhomme, Iuliia A. Karpenko, Anne Sophie Dabert-Gay, Delphine Debayle, Alexander P. Demchenko, Rachid Benhida, Benoît Y. Michel, Yves Mély, Alain Burger, Dual emissive analogue of deoxyuridine as a sensitive hydration-reporting probe for discriminating mismatched from matched DNA and DNA/DNA from DNA/RNA duplexes, J. Mater. Chem. C, 2016, 4, 3010 – 3017. 

P11. Jean-François Margathe, Xavier Iturrioz, Pierre Regenass, Iuliia A. Karpenko,Nicolas Humbert, Hugues de Rocquigny, Marcel Hibert, Catherine Llorens-Cortes, Dominique Bonnet, Convenient access to fluorescent probes by chemoselective acylation of hydrazinopeptides: Application to the synthesis of the first far-red ligand for Apelin receptor imaging, Chem. Eur. J, 2016, 22 (4), 1399 – 1405. 

P10. Lin Xue, Iuliia A. Karpenko, Julien Hiblot and Kai Johnsson, Imaging and manipulating proteins in live cells through covalent labeling, Nature Chem. Biol., 2015, 11, 917–923.

P9. Iuliia A. Karpenko, Andrey S Klymchenko, Sophie Gioria, Remy Kreder, Ievgen Shulov, Pascal Villa, Yves Mely, Marcel Hibert, Dominique Bonnet, Squaraine as bright, stable and environment-sensitive far-red label for receptor-specific cellular imaging, Chem. Commun. 2015, 51, 2960-2963.

P8. Iuliia A. Karpenko, Mayeul Collot, Ludovic Richert, Christel Valencia, Pascal Villa, Yves Mély, Marcel Hibert, Dominique Bonnet, Andrey S Klymchenko, Fluorogenic squaraine dimers with polarity-sensitive folding as bright far-red probes for background-free bioimaging, JACS, 2015, 137 (1), pp 405–412.

P7. Iuliia A. Karpenko, Jean-François Margathe,Thiéric Rodriguez, Elsa Pflimlin, Elodie Dupuis, Marcel Hibert, Thierry Durroux, and Dominique Bonnet, Selective Non-Peptidic Fluorescent Ligands for Oxytocin Receptor: Design, Synthesis and Application to Time-Resolved FRET Binding Assay, J. Med. Chem., 2015, 58 (5), pp 2547–2552.

P6. N. P. F. Barthes, I. A. Karpenko, D. Dziuba, M. Spadafora, J. Auffret, A. P. Demchenko, Y. Mély, R. Benhida, B. Y. Michel, A. Burger, Development of environmentally sensitive fluorescent and dual emissive deoxyuridine analogues, RSC Adv., 2015, 5, 33536-33545.

P5. Iuliia A Karpenko, Rémy Kreder, Christel Valencia, Pascal Villa, Christiane Mendre, Bernard Mouillac, Yves Mély, Marcel Hibert, Dominique Bonnet, Andrey S Klymchenko, Red Fluorescent Turn-On Ligands for Imaging and Quantifying G Protein-Coupled Receptors in Living Cells, ChemBioChem, 2014, 15: 359–363. 

P4. Dmytro Dziuba, Iuliia A Karpenko, Nicolas P F Barthes, Benoît Y Michel, Andrey S Klymchenko, Rachid Benhida, Alexander P Demchenko, Yves Mély, Alain Burger, Rational design of a solvatochromic fluorescent uracil analog with two-band ratiometric response based on 3-hydroxychromone, Chem. Eur. J. 2014, 20, 1998–2009.

P3. Iuliia Karpenko, Vasyl G. Pivovarenko, Numerical indices of structural flexibility – rigidity and conformational accessibility – limitation of organic molecules, Тhe Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry (Ukraine) 2012, 10, 60.

P2. Yuriy I. Matvieiev, Iuliia Karpenko, Andrii V. Kulinich, Aleksey B. Ryabitskii, Vasyl G. Pivovarenko, Svitlana V. Shishkina, Oleg V. Shishkin, Vitaly I. Kalchenko, Synthesis of Calixarene-Based Ketocyanine Fluorophores, Tetrahedron Letters, 2011, 52, 3922–3925.

P1. Vasyl G. Pivovarenko, Yulia A. Karpenko, The method of quantitative characterization of structural flexibility — rigidity and conformational accessibility — limitation of organic molecules, Тhe Journal of Organic and Pharmaceutical Chemistry (Ukraine) 2011, 9, 78 – 83.

 

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